O segundo critério importante de ser avaliado em qualquer cruzamento consanguíneo é o valor chamado de coeficiente de consanguinidade, ou COI (do inglês, coefficient of inbreeding). Este coeficiente é uma porcentagem diretamente relacionada ao grau de parentesco dos pais do animal. Assim, um cão nascido de irmãos completos tem um COI de 25%, assim como aquele nascido do cruzamento de pais com seus filhos; cães nascidos do cruzamento  de meio irmãos ou primos, um COI de 12, 5%;  de primos em 2º grau, de 6,5% e assim por diante. Existem diversas maneiras de interpretar este valor, mas a maneira que é mais interessante de ser aplicada na criação é: o COI reflete a proporção total de genes para a qual o animal é homozigoto, lembrando que para cada gene, ele pode ser homozigoto dominante (“AA”) ou recessivo (“aa”).  Desta maneira, um cão com um COI de 25%, é homozigoto em 25% ou ¼ de seus genes, ou seja: para cada QUATRO genes, é homozigoto para UM. Se utilizarmos uma aproximação, e pensarmos que caninos possuem 20.000 genes, cada um para uma característica diferente, este cão será homozigoto em 5.000 genes. A grande questão aqui é: para quais genes o mesmo será “homozigoto para características boas” (boa parte delas dominantes - AA) e para quais genes o mesmo será “homozigoto para características ruins” (maioria delas sendo recessivas - aa)? Não existe como prever! Assim, esta porcentagem indica uma estimativa geral, que pode ser avaliada tanto pelo lado ‘bom’ como pelo lado ‘ruim’. É por isto que o valor de COI está relacionado também à prepotência do animal: quanto maior, maior sua prepotência. Isto acontece porque COIs elevados indicam muitos genes homozigotos, e se o criador tiver sorte o animal terá muitos genes homozigotos dominantes, e para características interessantes. E por isto este animal será muito prepotente (leia sobre prepotência aqui).

       Muitos criadores acreditam que os tipos de cruzamentos consanguíneos estão relacionados com o valor de COI, e interpretam que o “inbreeding é sempre o tipo de cruzamento com COI bastante elevado, enquanto o linebreeding possui COI mais baixo”, levando à conclusão de que “no linebreeding não existe risco”. No entanto, esta interpretação não está correta, pois existem inbreeding´s com COIs baixos (veja um exemplo na figura 2c, com COI de 3,1%) e linebreeding´s com COIs elevados (exemplo na figura 4 abaixo, com COI de 37,5%). Desta maneira, é necessário um grande cuidado ao falar sobre os tipos de cruzamentos, pois ambos os critérios devem ser levados em conta: tipo (inbreeding x linebreeding) e intensidade (medida pelo COI).   

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